Để minh chứng những giá trị toàn cầu về sinh thái và đa dạng sinh học, từ khi thành lập BQL VQG Phong Nha - Kẻ Bàng đã chủ động hợp tác với Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật, Viện Nhiệt đới Nga - Việt, Viện Dược liệu, Bảo tàng thiên nhiên Việt nam, Vườn thú Cologne, Bảo tàng Thực vật Missouri, Bảo tàng Singapores, các tổ chức quốc tế khác cùng các nhà khoa học trong và ngoài nước, đã gặt hái được nhiều thành quả quan trọng.

Đến nay, ghi nhận được 1.394 loài động vật (thuộc 835 giống, 289 họ, 66 bộ, 12 lớp, 4 ngành) và 2.951 loài thực vật (thuộc 1.006 chi, 198 họ, 62 bộ, 11 lớp, 6 ngành). Có 42 loài mới cho khoa học đã lần lượt được ghi nhận và công bố trên toàn thế giới, trong đó có 38 loài động vật, gồm: 02 loài chim, 03 loài ếch nhái, 18 loài bò sát, 06 loài nhện, 09 loài cá; và 4 loài thực vật, gồm: Thu Hải đường; Phòng kỷ Quảng Bình, Bùng bục Phong Nha, Dương xỉ Quảng Bình. Đặc biệt, các nhà khoa học đã ghi nhận mẫu Chuột đá Trường Sơn, đây là một đại diện sống duy nhất của họ thú cổ (Diatomyidae) được xem đã tuyệt chủng cách đây 11 triệu năm. Ngoài ra, ghi nhận sự phân bố của quần thể Bách Xanh đá 500 tuổi - loài đặc hữu hẹp và phát hiện về 01 chi đặc hữu đơn loài Oligoceras eberhardtii rất hiếm ở Việt Nam.

Hoạt động nghiên cứu đa dạng sinh học đã có những đóng góp quan trọng trong bảo tồn thiên nhiên. Đặc biệt, là sự kiện Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng được UNESCO công nhận là Di sản thiên nhiên thế giới lần 2, với các tiêu chí ix, x:“Có giá trị nổi bật đại diện cho các tiến trình sinh thái trong sự tiến hóa và phát triển của các hệ sinh thái trên cạn (tiêu chí ix); sở hữu môi trường sống tự nhiên có ý nghĩa nhất đối với việc bảo tồn đa dạng sinh học (tiêu chí x)”. Đây là một dấu mốc không chỉ có ý nghĩa khẳng định, tôn vinh những giá trị nổi bật mang tính toàn cầu của Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng, tô đậm Quảng Bình trên bản đồ Việt Nam, mà còn nâng cao vị thế của Việt Nam trên trường quốc tế./.