Ngày 3 tháng 7 năm 2015, tại kỳ họp lần thứ 39 tại Bonn, Cộng Hòa Liên Bang Đức, với sự nhất trí hoàn toàn của các quốc gia thành viên  Ủy ban di sản thế giới (WHC), Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng đã được Tổ chức Giáo dục, Khoa học và Văn hóa của Liên Hợp quốc (UNESCO) lần thứ hai ghi danh vào Danh sách Di sản thế giới theo 2 tiêu chí mới :1/ là ví dụ nổi bật đại diện cho các tiến trình sinh thái trong sự tiến hóa và phát triển của các hệ sinh thái trên cạn (tiêu chí ix) và 2/ sở hữu môi trường sống tự nhiên có ý nghĩa nhất đối với việc bảo tồn  đa dạng sinh học (tiêu chí x). Như vậy, sau khi được công nhận là Di sản thế giới vào  tháng 7 năm 2003 theo tiêu chí viii : giá trị ngoại hạng về địa chất và địa mạo thì Phong Nha - Kẻ Bàng lại một lần nữa được vinh danh. Ủy ban Di sản Thế giới cũng chấp thuận mở rộng Vườn quốc gia từ diện tích 85,754 ha lên diện tích 123,326 ha. Đây là một trong 2 hồ sơ di sản thiên nhiên được duyệt trong tổng số 5 hồ sơ đệ trình lần thứ 39.

 Phát biểu tại buổi Lễ, Ủy viên Bộ Chính trị, Phó Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc nhấn mạnh nhận rõ những giá trị đặc sắc về thiên nhiên, văn hóa và lịch sử của vùng đất này, Chính phủ đã chỉ đạo tỉnh Quảng Bình xây dựng và triển khai đồng bộ nhiều giải pháp và khuyến khích các tổ chức, cá nhân tham gia gìn giữ, phát huy giá trị di sản  Phong Nha-Kẻ Bàng; và Phó thủ tướng  cho rằng sự vinh danh Phong Nha-Kẻ Bàng của UNESCO tại kỳ họp 39 của Ủy ban di sản thế giới khẳng định mức độ đa dạng, đặc hữu và toàn vẹn của thế giới tự nhiên tồn tại ở đây, đồng thời ghi nhận nỗ lực của Chính phủ Việt Nam, tỉnh Quảng Bình trong công tác quản lý, thực thi pháp luật về bảo tồn thiên nhiên, đa dạng sinh học, bảo vệ và chuyển giao những giá trị nổi bật toàn cầu của di sản thiên nhiên thế giới cho các thế hệ tương lai.

 Phó Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc yêu cầu các bộ, ngành Trung ương, nhất là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Ủy ban quốc gia UNESCO Việt Nam, các cơ quan có liên quan và mọi người dân, với tất cả trách nhiệm, tình cảm của mình, tiếp tục đóng góp nhiều hơn nữa để cùng tỉnh Quảng Bình gìn giữ, bảo tồn và phát huy tính bền vững của Vườn quốc gia Phong Nha-Kẻ Bàng. Đồng thời, thực hiện tốt các khuyến nghị về công tác bảo tồn của Ủy ban Di sản thế giới UNESCO, góp phần nâng cao đời sống nhân dân, phát triển KT-XH, nhất là phát triển du lịch của tỉnh Quảng Bình nói riêng, cả nước nói chung.